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6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)

项目介绍


  N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一,
在细菌、藻类及植物基因组中广泛存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。
6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DNA片段,
然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找6mA甲基化区域。



技术优势

全基因组范围鉴定6mA甲基化修饰区域

技术方法适合所有物种(一般推荐藻类及植物)



科学方案设计

从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果
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样本要求:基因组DNA: >= 5ug;样品浓度>50 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:20-30M Reads

信息分析


基于全基因组范围的6mA分析,数据质控、Peak锋Calling,

Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,

多样本甲基化差异聚类、DMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。









用心服务每一个项目

已完成多种藻类及植物6mA测序及分析

专业的技术支持,严格的实验把关,丰富的项目经验,高效的沟通机制,用心服务好每一个项目。


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6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)案例展示

衣藻6mA甲基化研究

N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas. Cell. 2015;7;161(4):879-892. (IF=31.398)

一、研究背景

N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型。6mA在细菌中广泛存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。相比之下,6mA在真核生物中的分布和功能还不清楚。

二、方法流程

1、取材:单衣藻(Chlamydomonas)

2、测序:6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)

6mA-CLIP-Exo

         6mA-RE-Seq

3、验证:UHPLC-MS/MS: 整体6mA水平

4、功能:

三、研究结果

1) 对衣原体基因组中的6mA进行了全面的分析,在84%的基因中鉴定出6mA修饰;

2) 6mA主要位于转录起始位点(TSS)附近的AT二核苷酸上,具有双峰分布,并显示出激活基因的标记;

3) 6mA分布存在周期性模式, TSS附近的核小体分布有关,表明在核小体位置上可能起到作用。

四、研究结论

6mA的全基因组图谱及其在衣藻基因组中的独特分布表明6mA在真核生物基因表达中的潜在调控作用

                                             

      


 图1. 单衣藻基因组中的6mA                             2. 6mA在转录起始点附近的双峰分布                                    3. 6mA的单核苷酸分辨率图谱

 


         

 
                                             4. 6mA在邻近核小体之间的DNA连接区分布                                       5. 6mA与转录基因的相关性





6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)结果展示

6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)常见问题

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